El paso de Emilio Lozoya por la dirección general de Pemex quedó marcada por los presuntos sobornos de Odebrecht, pero también se realizaron en la petrolera operaciones multimillonarias sospechosas, como la recompra de las plantas de Agronitrogenados y de Fertinal en condiciones desventajosas para el gobierno y sin efectos positivos para la producción y procesamiento de hidrocarburos. Sin embargo, Lozoya tuvo el cuidado de garantizar la opacidad de dichas operaciones al crear empresas “privadas” para llevarlas a cabo, de modo que la Auditoría Superior de la Federación no pueda auditarlas.
